淮河入海水道二期工程是国家进一步治理淮河38项骨干工程之一，也是国务院确定的172项节水供水重大水利工程“十大标志性”项目。2020年7月8日，国务院常务会议将其列为国家2020-2022年再开工建设的150项重大水利工程。二期工程是在一期工程基础上，通过拓宽挖深河道、加高培厚堤防等工程措施，将设计行洪流量由2270立方米/秒提高到7000立方米/秒，设计防洪标准由100年一遇提高到300 年一遇。在省委省政府的关心支持下，在各方的共同努力下，国家发改委于2022年7月22日批复工程可研，总投资438亿元，计划工期84个月。
淮安境内工程西起二河闸，东至淮阜交界，总长66.2千米，工程主要建设内容有三大部分：一是干河主体工程，二是跨河桥梁工程，三是渠北影响处理工程。淮安市境内总投资约186亿元（含水利部淮委实施的二河枢纽6亿元和省水利厅实施的淮安枢纽20亿元）。其中，干河主体和跨河桥梁工程约150亿元，渠北影响处理工程约10亿元。工程部分投资约64亿元，移民投资约96亿元。
